实验室自动化系统又称自动化流水线，是指为实现临床实验室内某一个或几个检测系统的功能整合，而将不同的分析仪器与分析前和分析后的相关设备通过硬件和信息网络进行连接的相关设备整合体。主要部件包括样本前处理系统、样本运送系统、样本分析系统、样品保存系统和软件控制系统等。
医院临床科室的飞速发展，一方面是检验科标本量翻倍增加，服务对象对结果回报时间要求缩短再短；另一方面实验室的空间受限、人员不够用，医院发展的瓶颈。拥有一个科学的、合理化的全实验室自动化体系是大型综合实验室发展的方向，也是大势所趋。
对任何一所临床实验室而言，选择实验室自动化系统前必须结合本实验室的实际需求与现状，符合科室工作人员的日常工作习惯，考虑提升设备处理能力，改进信息系统功能，提升人员素质，进而作出合理科学的决策。
一、自动化实验室的规划
与传统医学实验室相比，自动化实验室在自动化、智能化程度上大大提高，在实验室设计方面也有了更高要求，但在实验室规划设计方面的缺陷往往会造成仪器效能不能完全发挥，不能做到真正意义上的检测全过程自动化。首先，自动化实验室设计方案的提出应参考国家发布的各种标准，如《实验室生物安全通用要求》、《生物安全实验室建筑技术规范》、《微生物和生物医学实验室生物安全通用准则》等，对实验室水电、照度、噪音、通讯接口等各个细节要做到提前规划。此外，自动化实验室规划设计不仅仅是相关设备的摆放，更重要的是对工作流程的规范与改进，设计中应充分考虑人员、标本、医疗废物、清洁物品进出实验室流程。
二、自动化系统的选择与实验室整合
目前市面上有3种自动化产品组合（如下）可供选择：
1.IVD厂商提供拥有完全自主产权的自动化系统，连接自主品牌分析仪器。涵盖样本分析前处理、分析中检测、分析后处理和信息化管理，兼容服务整个实验室。
2.以一家IVD厂商提供的自动化系统为主，可硬件兼容其它部分IVD供应商的仪器设备。
3.以自动化轨道供应商为主，连接各IVD厂商提供的仪器设备。
目前国内市场上部分IVD厂商可以通过轨道连接硬件，实现跨平台的物理连接，但是不同厂家仪器与系统软件控制平台的接口无法兼容，如何实现仪器跨平台的数据共享等信息功能往往是仪器整合中的难点。
对于同一厂家的分析仪器，由于通讯标准一致，可以方便地通过中间体软件进行同一管理，如监控标本在每个分析模块上的实时状态。但对于不同品牌仪器，往往仅能设置基本的通讯，甚至没有与中间体软件实现双向通讯，自动化信息化的实际作用就大打折扣。
而对于由不同厂家通过收购而整合成单一品牌的厂家而言，因原有设备的设计理念不同，管理样本的方式同样存在着差异，实际上仍是不同的操作体系。收购整合后各仪器虽然在同一条自动化流水线上连接，弥补了检测菜单不全的缺点，但也引入新的问题，例如，样本在自动化流水线轨道上为单管运输，在检测仪器上为样本架运输，样本管理方式的不同，使得在上机检测前额外增加了转移样本的步骤，造成整体速度的无法匹配，成为整条流水线的瓶颈。
三、不合格样本分选问题
为保证检测质量，自动化系统应对溶血、脂血样本有自动识别功能，不同厂家通过化学测试和物理方法进行不合格标本识别，化学方法需要购买相关试剂，这样对标本溶血、脂血程度的判定才更为精准，但它存在检测成本和时间增加的问题。物理方法可对标本性状进行初步判断，罗氏公司前处理系统通过数码照相系统判别异常标本，对可疑标本给予警告，
物理方法检测相对简单且无成本增加。如不采用化学方法检测，异常标本识别就处于无序状态，只有在对结果影响较大时才能发现。
四、信息化建设问题
实验室信息系统是临床实验室运作的重要部分。最初建立用来收集、记录、显示、组织和存档实验室结果，通常
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